Le Conseil Scientifique de la Faculté des Lettres, des Arts et des Humanités de la Manouba est composé du Doyen (président du Conseil),du vice doyen ,des Directeurs des Départements, du Secrétaire Général (assurant le secrétariat du Conseil), de 10 membres élus représentant les Enseignants (répartis entre, d'une part Professeurs et Maîtres de Conférences (06 membres) et d'autre part, Maîtres-assistants et Assistants (04 membre)) et de 3 autres membres élus représentant les étudiants.

Les prérogatives du dit Conseil sont définies par les articles 36 et 37 du décret n° 2716-2008 du 04 Août 2008.

• Le Conseil Scientifique examine les questions relatives au fonctionnement de l'Établissement, à l'organisation et au déroulement des études, aux programmes de formation et de stage, ainsi qu'aux programmes de recherche et leur avancement et propose la création de nouveaux Départements.
• Il donne son avis sur les critères d'attribution des missions, subventions et bourses ainsi que sur les besoins de l'Établissement en Enseignants et en Chercheurs.

D’une manière générale, le Conseil Scientifique est une structure consultative auprès du Doyen essentiellement en matière scientifique et pédagogique.